歯の神経を取ることを「抜髄」と言いますが、正確には「歯髄」と言う部分を取っています。むし歯が奥深く進行して、歯髄に細菌が入り込んで炎症が起きてしまい、抜髄しなくてはならなくなるわけです。
抜髄しなければならないほど炎症が起きている歯は、処置の前日から強い痛みを感じている事があります。何もしていなくてもズキズキ痛む、夜中に目が覚めてしまうほど強く痛む。こうした場合は炎症がかなり広がっていると思われます。
抜髄の経過としては、炎症が生じた歯髄をとって根管内を洗浄後、消毒の薬を詰めます。この後、状態を見て快方に向かっているようであれば、根管に最終的な詰め物をして仮のフタを最終のものに変えます。
さて、「抜髄したのになぜ痛むのか」というと、いろいろな理由が考えられます。抜髄というのは歯の根（歯根）の先のところで歯髄を切断します。当然、切断した端が歯の外側（顎の骨の中）にできるので、歯の内部の神経を取ったといえ、その部分では痛みを感じます。
また、抜髄時の消毒薬が原因のこともあります。むし歯の原因は細菌感染ですから、歯髄の除去後、複雑な形をした根管内に入り込んだ細菌を除去するために、強い消毒薬を用います。この消毒薬が歯の外側にしみわたり、違和感や痛みを生じます。術中は局所麻酔のおかげで痛みを感じませんが、麻酔が切れるころから消毒薬の刺激による痛みが出てきます。
こうした術後の痛みは、我慢せずに処方された鎮痛剤を服用してください。抜髄は外科処置ですから、数日間痛みが続いてもおかしくはありません。鎮痛剤を飲みながら少し様子をみましょう。数日で落ち着くようなら心配いりません。
噛んだ時に痛みを感じる場合は、歯ではなく歯の周囲（歯根膜や歯槽骨）で痛みを感じています。無理に噛む必要はありませんが、やわらかいものなら噛めるというなら、少しずつ噛んでみてください。消毒薬による痛みであれば、徐々に落ち着いてくるはずです。
なお、これはまれですが、歯の中に入り込んだ最近の種類などによっては、抜髄後に強い痛みや腫れが生じる事があります。術後疼痛（フレアーアップ）といい、歯科医師が適切な処置をしたとしても数％の確率で起こります。眠れないような痛みが何日も続く、顔がひどく腫れてきた、という場合は応急処置が必要となりますので、主治医にご連絡を。
また、数週間経っても術前と痛みが全く変わらない時は、他の疾患（非歯原性歯痛など）が原因のこともあります。その際は、再診査が必要となります。歯の根の治療（歯内療法）の専門医や痛みの専門医を紹介してもらうのも一案です。
いずれの場合も、痛みは生体のアラーム機構ですから、「痛みを取り除く」ことだけに固執するのではなく、痛みの原因が何なのかを、主治医に教えてもらうのが望ましいでしょう。

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